Als die letzte Eiszeit allmählich zu Ende ging, vor 12000 Jahren etwa, lag das Gebiet des heutigen Stockholm noch gut 150 Meter unter dem Meeresspiegel. Vom Druck des Eises befreit, begann sich die skandinavische Halbinsel zu heben. Sie tut es noch heute; in der Stockholmer Gegend um fast 4 Millimeter pro Jahr, also gut sichtbare 40 Zentimeter in einem Jahrhundert.
Die ältesten Fundstücke von Menschen in der Region sind 8000 Jahre alt und fanden sich südlich der heutigen Stadt an einem ehemaligen Uferstreifen, der jetzt in einer Höhe von 60 Metern über dem Meer liegt. Etwa 1000 Jahre vor unserer Zeitrechnung tauchten in dem breiten Durchlaß von der Ostsee in die Bucht des heutigen Mälarsees die ersten Granitfelsbuckel aus dem Meer auf. Mit zunehmender Höhe und Größe wirkten sie wie Wellenbrecher, und an den Rändern der so geschützten großen Mälarbucht dahinter entstanden während der Bronzezeit etliche Seehundjäger- und Fischersiedlungen, die begannen, untereinander und über das Wasser entlang der Küste auch mit anderen Regionen Handel zu treiben. In der anschließenden Eisen- und Wikingerzeit wuchs auf einer der jungen Inseln im Mälarsee eine von den Königen der Svear gegründete stadtähnliche Handelssiedlung fast von den Ausmaßen Haithabus heran. Nach Birka brachten Fernhändler Luxuswaren für den Königshof auf der Nachbarinsel Adelsö selbst aus den muslimisch-arabischen Ländern am Südrand des Schwarzen Meeres: kostbares Glas, Seide, Gewürze, geprägte Silbermünzen, und tauschten sie gegen Eisen, Pelze und Bernstein. Ende des 10. Jahrhunderts wurde dieser blühende Handelsort plötzlich aufgegeben. Ein Grund dafür könnte gewesen sein, daß sich der nach Süden gerichtete Zufahrtsweg beim heutigen Södertälje durch weitere Landhebung damals schloß.
Nachfolger Birkas wurde Schwedens erste Hauptstadt: Sigtuna am Nordufer der Mälarbucht. Die fortschreitende Landhebung verengte die Zufahrten in die Bucht, die allmählich zum Mälarsee wurde, immer weiter, und die Schären und Holme in den noch verbliebenen wenigen Zufahrten wurden als Kontrollpunkte der Handelsschiffahrt strategisch interessant.
Ungefähr um die gleiche Zeit als König Erik der Siegreiche Svealand und Götaland unter seiner Herrschaft zu Schweden vereinte und als Hauptstadt des neuen Reiches Sigtuna gründete (980), wurde in dem Durchfluß zwischen der heutigen Altstadtinsel Stockholms und Norrmalm eine Palisadensperre errichtet. Die Durchfahrt, mit einem Kastell gesichert und 1219 von dem isländischen Historiker Snorri Sturluson besucht, erhielt danach den Namen Stocksund. Das Kastell wurde erweitert, vor seinen Mauern entstand eine Handelssiedlung. Im Sommer 1252 siegelte Schwedens Regent, Birger Magnusson, Jarl von Östergötland, zwei Briefe in Stockholm, die als Gründungsdokumente der Stadt gelten. Noch im gleichen Jahr schloß sie einen Handelsvertrag mit den Hansekaufleuten Lübecks, und keine fünfzig Jahre später war Birger Jarls Gründung bereits die wichtigste Stadt des Landes.